隐秘场所的探索是游戏的重要乐趣之一，这些地点通常藏有稀有道具、特殊宝可梦或关键剧情触发点。要找到这些场所的详细攻略，玩家可以参考权威游戏论坛如百度贴吧的专题讨论帖，其中会标注具体坐标、触发条件及所需技能（如冲浪、潜水、闪光等）。部分攻略网站如豆丁网和文档投稿赚钱网提供了整合版图文攻略，包含全地图标注和隐藏道具位置说明。需不同版本（如原版绿宝石与改版究极绿宝石）的隐藏要素可能存在差异。
隐秘场所的典型代表包括流星瀑布深处的化石获取点、废弃船内部的仓库钥匙、以及海底洞窟的潮汐变化区域。这些地点往往需要玩家完成特定主线任务或携带特殊道具才能进入。废弃船的探索需要先在卡那兹市触发水舰队剧情，而海底洞窟的潮汐机制则与游戏内时间系统挂钩。攻略中通常会强调时间节点和道具准备的优先级，避免玩家因遗漏步骤而无法推进。
对战开拓区作为通关后的核心隐藏区域，其解锁条件和内部设施规则也是攻略的重点内容。玩家需收集全部8枚徽章并击败联盟冠军后，才能通过特定NPC对话激活该区域。部分攻略会详细分析对战塔、工厂等设施的挑战规则，包括宝可梦等级限制和技能搭配建议。这类高阶攻略多见于专业游戏资料站如口袋妖怪专题站，或资深玩家整理的PDF攻略本。
秘密基地系统是绿宝石独有的隐藏玩法，其装饰品获取途径分散在卡依市集市、银叶市游戏厅等地点。攻略会明确列出所有装饰品的购买位置和兑换条件，例如火山灰小屋需要用火山灰兑换精致家具。秘密基地的位置选择会影响后续功能扩展，部分攻略会对比不同地形的优劣性。这类细节通常出现在玩家社区的经验帖或视频攻略的补充说明中。
雷公、炎帝等传说宝可梦的出现条件涉及天气系统、剧情进度等多重变量，错误操作可能导致捕捉机会永久消失。可靠攻略会强调存档的重要性，并提供完整的遭遇前准备清单，包括精灵球类型推荐和异常状态施加策略。这类高价值信息通常出现在专题站点的进阶指南或典藏版攻略的附加章节中。
